中国生物制品学杂志

2018, v.31(06) 591-597

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hsa-miR-22-3p和hsa-miR-671-5p靶标基因的预测及其与癌症患者生存率的相关性
Prediction of target genes has-miR-22-3p and has-miR-671-5p and their relationship to survival rate of patients with cancer

李明阳;马春霞;吴翰欣;吴小海;俞建昆;马千里;

摘要(Abstract):

目的通过生物信息学方法预测在m6A去甲基化酶FTO敲低处理后,存在m6A修饰并显著下调的mi RNA(hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p)的靶标基因,并分析它们与癌症患者生存率的相关性。方法利用在线数据库寻找目标mi RNAs的靶基因,并通过基因功能(gene ontology,GO)和信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对这些靶基因的分子功能(molecular function,MF)、生物过程(biological processes,BP)、细胞组分(cell component,CC)定位以及参与的信号通路进行分析;通过蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)筛选出核心基因,并分析它们与癌症患者生存率之间的相关性。结果 hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p共有198个相同的靶标基因;GO分析结果表明,这些靶基因在生物过程中显著丰富,包括肌动蛋白细胞骨架组织、神经元干细胞群维持、对尼古丁的行为反应;对于分子功能,这些靶点富含锌离子结合、蛋白质结构域特异性结合、核心启动子序列特异性DNA结合;细胞成分定位分析还显示,这些靶标在高尔基体的早期内体,细胞连接和整体成分中显著丰富;KEGG通路分析显示,这些交叉基因靶点在非小细胞肺癌、癌症中的胆碱代谢和粘蛋白型聚糖生物合成途径中富集;基于网络的工具分析显示,hsa-mi R-22-3p和hsa-mi R-671-5p已经它们的核心靶标基因RHOU和UNC5B与肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)、肝癌(liver hepatocellular carcinoma,LIHC)、肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)、低级胶质瘤(low-grade gliomas,LGG)、胃癌(stomach adenocarcinoma,STAD)、卵巢癌(ovarian serous cystadenocarcinoma,OV)、肉瘤(sarcoma,SARC)、膀胱癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)、皮肤癌(skin cutaneous melanoma,SKCM)、乳头状肾细胞癌(kidney renal papillary cell carcinoma,KIRP)和乳腺癌(breast invasive carcinoma,BRCA)等11种癌症有关。结论当去甲基化酶FTO被敲低或处于低活动水平时,一些mi RNA和基因可能在癌症中发挥不同的作用,也有可能成为治疗癌症的新的核酸靶点。

关键词(KeyWords): m6A去甲基化酶;微小RNA;生物信息学分析;癌症;生存率

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 中国医学科学院重大协同创新项目(2016-12M-001)

作者(Author): 李明阳;马春霞;吴翰欣;吴小海;俞建昆;马千里;

Email:

DOI: 10.13200/j.cnki.cjb.002195

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