中国生物制品学杂志

2021, v.34(04) 400-405

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新型冠状病毒M蛋白结构和B细胞表位预测
Prediction of structure and B cell epitope of M protein of SARS-CoV-2

叶晓鲜;李明洋;朱珊丽;崔怀瑞;王昱;张丽芳;

摘要(Abstract):

目的预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)M蛋白的结构及可能的B细胞优势表位。方法从NCBI GenBank数据库中检索SARS-CoV-2 M蛋白的氨基酸序列,应用计算机辅助生物信息学软件进行分析,利用ExPASy服务器上的ProtParam、SOPMA、GOR、Swiss Model分别预测M蛋白的理化性质、二级结构、三级结构;利用TMHMM、Phobius线上软件预测M蛋白的跨膜区域,并结合DNASTAR软件进行亲水性、柔韧性、表面可能性、抗原性及极性等综合分析;利用Vector NTI软件分析冠状病毒属M蛋白的同源性。结果 SARS-COV-2 M蛋白由222个氨基酸组成,为稳定的跨膜蛋白,以α螺旋为主。多种参数进行综合分析推测,其可能的B细胞优势表位为第5-14位氨基酸(NGTITVEELK)。SARS-CoV-2 M蛋白与SARS-CoV M蛋白、Bat SARS-like CoV的M蛋白同源性匹配最高,达90%。结论 5-14肽段为SARS-CoV-2 M蛋白可能的B细胞优势表位。本研究为实验确定SARS-CoV-2 M蛋白的B细胞表位、免疫识别提供了参考,为进一步研发疫苗奠定了基础。

关键词(KeyWords): 新型冠状病毒;M蛋白;生物信息学;B细胞表位预测;同源性分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 温州市基础性科研项目基金(Y20180072)

作者(Author): 叶晓鲜;李明洋;朱珊丽;崔怀瑞;王昱;张丽芳;

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DOI: 10.13200/j.cnki.cjb.003308

参考文献(References):

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